当代科学源于以探索自由和学术自治为特征的纯科学或学术科学，现代社会中的科学共同体原则上依然是一个自治的共同体。当前，科学不端行为受到社会乃至管理部门的关注本身表明科学共同体的自治出现了一定的问题。最近的复旦事件和北大风波应该让人意识到，现在到了从进入大学的第一天就要灌输科研诚信意识的时候了，要让每个准备接受高等教育和从事学术研究的人明白，科学不端行为是一个万万碰不得的禁区和禁忌，谁违规谁就要准备自食其果。斯特恩斯之所以如此强烈质疑，是因为在国际学术界看来，处罚抄袭这种明显的不端行为没有任何可商量的余地。谁违反了这个规则谁就应该出局。说到底，即使爱因斯坦违规了，该出局也得出局，根本不用担心没了他就没有相对论，因为科学是一项集体性的探索事业，没有诚信就没有秩序，更谈不上效率。
科学共同体的自治权，一方面来自其对客观知识的寻求符合公共利益，另一方面则在于其内部的学术制度使其具有自我纠错能力。大科学时代的科学显然是在政府和民间资源的支持下才得以维系与发展，而社会的支持是有条件的，只有赞助者乃至全社会信得过科学共同体时才会支持这项事业。早就有学者研究指出，在国际科学界，作为惯例的科学共同体的自治的形成得益于两个不可或缺的社会文化条件：其一，学术自由不仅是研究机构的既定方针，而且成为广泛的社会共识；其二，外界（包括民间机构和国家）对科学的资助（patronage）必须通过基于同行评议的公共筛选（communal filters）来确定分配方案。
值得进一步反思的是，导致这些问题的根本原因在于，建立在纯科学或学术科学传统之上的科学自治机制不太适应大科学时代的知识生产模式。从成果发表的压力、资源上的竞争、知识的产权化到高度的专业化，都在不同的程度上着自由讨论和批判性的思考，使得科学共同体的自我净化能力受到前所未有的挑战。
实际情形往往比科学共同体外的公众或伦理学家想象的要复杂得多，对科学不端行为的界定应该十分慎重。因为科学界的很多不尽合理的做法，如日本的研究论文对实验室领导的观点的迎合、中国的导师署名问题等，往往涉及复杂微妙的文化背景。更重要的是，充满猜测和逻辑跳跃的发现的语境，与条理清晰和逻辑严谨论证的语境并非一致，在有些发现甚至重大发现的过程中不乏主观和有偏见的处理。一些科技史研究甚至认为从伽利略、牛顿到诺贝尔奖获得者密立根（Robert A. Millikan）等都有捏造和有选择地使用数据的嫌疑。而这实际上表明，在有效的研究策略和弄虚作假之类的不端行为之间并无明晰的界限，最好由科学共同体自己去区分。在很多重大的科学不端行为中，科学共同体所处的外在环境因素往往不容忽视，在韩国的黄禹锡事件和中国的“汉芯”事件中，民族主义情结和对自主创新过度追求等外部因素的影响值得作进一步的反省。
各国正在致力于建立一种应对科学不端行为的机制，并通过国际性的会议展开了合作。但问题的关键显然在于，政府与管理部门应致力于帮助科学共同体营造一种促进负责任的研究行为的环境，增强学术机构和研究者的诚信意识与自我纠错等自治能力，而不应该仅仅诉诸规章管理模式，甚至扮演“科学界的警察”。从美国医学科学院，美国科学三院国家科研委员会编撰的《科研道德：倡导负责行为》中可以看出，他们意识到规章管理模式若不加限制容易强化科学的行政化色彩，徒增成本而未必见成效，还可能减少学术机构和研究者面对研究机遇时的灵活性。
在我国，科学不端行为除了经济社会转型带来的急功近利等现实肇因外，还与科技管理的行政化有一定的关系。鉴于大多数科技资源取决于行政化配置，科技管理亦具有浓厚的行政化色彩，资源分配的不透明、单位制和简单的量化管理均不利于营造有利于科研诚信的学术生态和创新文化。目前政府科技管理部门开始大力推动科研诚信建设，其所面临的挑战在于：如何既体现管理效率又超越行政化的局限，使诚信建设切实有助于科学共同体提升其自我矫正功能。（作者为中国社会科学院副研究员）bob半岛在线登录
